公元1333年，为武士统治日本奠定基石的镰仓幕府，因其所信任的幕臣——足利尊氏的谋反而宣告灭亡。 失去了一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人——北条时行，在自称为神的神官——诹访赖重的手中引导下，逃离了化为一片火海的镰仓……。 在逃亡抵达的诹访之地，时行与值得信赖的伙伴结成了「逃少党」，并借由「逃跑」与「活下去」来克服重重苦难，逐渐磨练出作为率领大军之将领的实力。 另一方面，在京都的尊氏其权力正稳步扩张，而在镰仓，以尊氏之弟——直义为首的新统治也正大受欢迎。 在时代更迭的巨大浪潮中，时行夺回天下的这场捉迷藏，其结局将会走向何方——。
在时空的交错点开着一间酒馆——谷雨街后巷。 无论城市的角落，还是繁星坠落的荒漠， 穿过现实的迷宫，欢迎光临“谷雨街后巷”。 在这有着无尽时间的酒馆里， 点杯梦，邂逅形形色色的客人吧。 看水豚系少年小默剥开执念的外壳， 找到重重梦魇中渺茫到看不见的“我们”。
绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。 飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。 结尾画面和结尾语亦为本作之特色，各故事皆有结尾画面和结尾语。大部分的结尾画面为飞天小女警三人，结尾语通常则是“一天又平安的过去了，感谢飞天小女警的努力！”但前两者并非每集皆一成不变；较可能出现的会是解决该集纷争最有助力的人、事、物，而也并非绝对单一个体（也可能复数）。
